Courses in 2020

1. 生物信息学,Bioinformatics (For undergraduates)

56学时,2.5学分,课堂授课40学时,上机16学时

1. 本课程为华中科技大学生命科学与技术学院生物信息学本科专业的基础课程,主要讲授生物信息学序列分析及分子进化方面的基础内容,可适用于中国大陆或运用简化汉字教学的国家和地区的生物信息学教学或参考。
2. 课件制作主要参考MIT的《Foundations of Computational and Systems Biology》课堂讲义,Johns Hopkins University的Ben Langmead教授的Teaching Materials,New York University Medical School的David Fenyo教授的《Proteomics Informatics Spring 2014》授课材料,以及David Mount的《生物信息学:序列与基因组分析》。
3. 本课件允许他人自由下载、复印、转发,但仅可用于非学术性质的教学和研讨。
4. 如对课件有问题,请联系我:xueyu@hust.edu.cn.

课程相关信息 (下载)

第一章 历史简介和概论 (课件下载) (参考文献) (十大进展)

第二章 生物序列数据获取和检索 (课件下载)

第三章 序列分析的数学基础 (课件下载)

   补充材料:(1) DNA模体概率的贝叶斯计算; (2) 超几何分布的perl代码

第四章 双序列比对 (课件一) (课件二)

   参考文献:(1) PAM矩阵; (2) BLOSUM62矩阵

第五章 多序列比对 (课件下载)

第六章 序列模式识别 (课件一) (课件二)

第七章 分子进化与系统发育分析 (课件一) (课件二)

第八章 基因组分析 (课件下载)

第九章 测序读段回帖 (课件下载) (参考文献)

第十章 基因组组装 (课件下载) (参考文献)

第十一章 转录组与转录调控分析 (课件一) (课件二) (参考文献)

第十二章 计算蛋白质组 (课件下载)

第十三章 翻译后修饰 (课件下载)

第十四章 结构生物信息学 (课件下载)

补充章节 PERL编程 (课件下载) (Motif finder)

附录一 Beginning Perl for Bioinformatics

附录二 上机题目

 

2. 生物信息学,Advanced Bioinformatics (For graduates)

32学时,2学分,授课16学时,学生报告16学时

1. 学生报告:学生在课堂上抽取论文题目(两人一组),从“生物信息学最新进展”中下载并阅读所选择的论文,制作ppt并做讲解。

课程相关信息 (下载)

一、下一代DNA测序信息分析 (课件下载)

二、转录组与转录调控分析 (课件下载)

附录一 生物信息学最新进展

 

3. 系统生物学进展 (For Ph.D. students)

32学时,2学分

蛋白质共价修饰组学的研究进展 (课件下载)

 

4. 生物信息学引论 (For CAS)

测序读段回帖和转录调控 (课件下载)

 

5. 遗传学和基因组学 (For CAMS & PUMC)

计算蛋白质组学 (课件下载)

 

Courses archives:

1. 2007, fall: 生物信息学 (In USTC)

2. 2008, fall: 生物信息学; 表观遗传学 (In USTC)

3. 2010, fall: 生物信息学; 系统生物学 (In HUST)

4. 2011: 生物信息学; 生物信息数据挖掘; 系统生物学; 生物化学与分子生物学进展; 系统生物学进展; 生命科学前沿 (In HUST)

5. 2012, spring: 生物信息学 (医学八年制); 生物信息数据挖掘 (In HUST)

6. 2012, fall: 生物信息学概论 (For undergraduates); 系统生物学 (For undergraduates); 系统生物学进展 (For graduates)

 

※ Contact:

Prof. & Dr. Yu Xue (Personal CV)

Professor (from July, 2009),
Principle Investigator,
Department of Bioinformatics & Systems Biology,
College of Life Science and Technology,
Huazhong University of Science and Technology,
No. 1037, Luoyu Road,
Wuhan, 430074, Hubei, P.R.China

Phone: +86-27-87793903
Fax: +86-27-87793172
Email: xueyu@hust.edu.cn
Website: http://www.biocuckoo.org/


Last update: March 5th, 2018
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